La conquista cristiana por Jaime I en el siglo XIII y la posterior repoblación produjeron cambios radicales en esta organización. Muy pronto comenzó un proceso de concentración de la población, la qual benefició al núcleo de Carcaixent. En el año 1266 Carcaixent tenia 60 casas y unos 250 vecinos. La parroquia se estableció en la alquería de Ternils, i este se convirtió en el centro religioso de esta "Horta de Cent". Por este motivo, se construyó rápidamente una bella construcción de piedra que se conserva actualmente con la estructura original (Ermita de Sant Roc). Estos núcleos dependían de la Vila de Alzira, una de las más importantes del Reino de Valencia. Formaban parte de su término municipal, igual que otras poblaciones (Algemesí, Guadassuar, etc.). Esta situación de dependencia perduró durante toda la Edad Media y parte de la Edad Moderna (hasta el siglo XVI). Es por esto que apareció en los documentos de esta manera: "Lloch de Carcaixent, terme i aldea de la Vila d'Algezira". En el año 1348 la Guerra de la Unión afectó a las alquerías, y Carcaixent y Cogullada fueron incendiadas .