La construcción de la nueva iglesia dedicada a San Esteban, comenzó el día 30 de Junio de 1524 con el decisivo apoyo de Fray Juan Álvarez de Toledo, obispo de Córdoba e hijo del II Duque de Alba, Don Fadrique Álvarez de Toledo.
La traza y proyecto de este templo son del gran arquitecto español Juan de Álava, autor de la catedral de Plasencia y otras importantes obras. Le sucedieron como arquitectos hasta la terminación de esta iglesia, entre otros: Juan de Ribero Rada, Pedro Gutiérrez, Fray Martín de Santiago y Rodrigo Gil de Hontañón.
Forma la portada una especie de tapiz minucioso, cuajado de prolijas labores, enmarcado dentro una gigantesca bóveda de medio punto apoyada en dos robustos pilares.
La organización
ornamental es de una rica y exquisita fantasía formada por tres
cuerpos principales:
En el cuerpo primero o inferior, figuran los cuatro santos de la orden: San Jacinto, Santo Domingo, San Francisco y Santa Catalina de Sena. En los medallones de la puerta, los bustos de Moisés y de Elías y en los muros, Adán y Eva. En el friso superior, medallones con bustos de Santiago, David, San Jorge y otro santo.
En el segundo cuertpo, el gran relieve del martirio de San Esteban realizado en el año 1610 por el milanés Juan Antonio Ceroni, figurando el nombre del artista en la piedra donde el Santo está postrado, y en la piedra que coge uno de los verdugos está grabado el año de 1610; sobre este relieve, los medallones con bustos de Job, Salomón y Abrahán con el sacrificio de Isaac; a los lados, cuatro de los doctores de la iglesia: Santo Tomás, San Andrés, San Juan Evangelista y San Pedro Mártir.
En el centro del tercer cuerpo un Calvario de tres figuras, sobre él, un medallón con el Padre Eterno, San Pedro y San Pablo, San León y San Gregorio; obra de Cellini.
A la derecha se observa la Portada o Fachada.
La
iglesia es una nave de excelentes proporciones, 84 metros de
largo por 14,50 de ancho, con una altura de 27 metros y 44 en el
crucero, con 6 bóvedas formando vistosos pabellones esmaltados
de grandes claves doradas, pilares bocelados, ventanas compuestas
de tres medios puntos iguales, con rosetón encima, seis capillas
a cada lado de alta y gallarda ojiva y la cuadrada cúpula por la
que entra copiosa luz.
Otras partes importantes son:
La capilla dedicada a San Juan Bautista, El Claustro de los Reyes, el Panteón de los Teólogos (antigua sala Capitular), La Sacristía, La Sala Capitular.
A la izquierda se puede observar el Interior de la nave central.